Це моделювання дає можливість попрактикуватися в виконанні реакції лігування в віртуальній лабораторії. У цьому процесі фермент ДНК-лігаза використовується для приєднання двох фрагментів ДНК за допомогою комплементарних тупих або «липких кінців», що утворюються як результат розщеплення рестриктивним ферментом.