توفر هذه المحاكاة فرصة لممارسة هضم القطع في بيئة مختبر افتراضي. تُستخدم إنزيمات القطع لقطع شرائط حمض DNA لبلازميدين، ما ينتج قِطعًا من حمض DNA ذات نهايات لاصقة تكميلية يمكن إعادة تجميعها لإنتاج بلازميد مؤتلف.